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對于“營改增”后，過渡期存在的涉稅問題，對施工企業影響較大，需要重點關注。關鍵涉稅問題包括：
(1)過渡期老項目的征收方式 如果是繳納營業稅，還是實行增值稅簡易征收，征收率3%，還是不設過渡期，直接按照增值稅現行制度征收;
(2)變更索賠如何處理問題 變更索賠是在工程項目施工過程中隨時發生的，其發生時間及金額具有不確定性，那么在“營改增”后簽訂的變更索賠合同，如何納稅，如何提前進行籌劃是需要重點關注的問題。
(3)超驗欠驗涉稅問題 目前施工企業存在業主超驗或欠驗事項，根據增值稅計稅原理及目前建筑業營業稅的征收管理，若建筑業“營改增”后，以業主批復的驗工計價時點作為增值稅的納稅義務發生時間，如果施工過程中發生業主超驗，將導致納稅義務時間提前，而與進項稅額不匹配，“營改增”以后發生的進項稅額可能無法充分抵扣;如果施工過程中發生業主欠驗，應稅服務完成但是卻未繳納相應稅金，可能會存在涉稅風險，而且，“營改增”以后，根據過渡期政策的不同，欠驗部分稅負也會受到影響。
(4)已完工未結算工程款問題 工程項目一般點多、線長、面廣，施工期一般持續時間較長，辦理結算時間也較長，往往在工程結束后很長一段時間內都無法及時結算工程款項，對企業的資金和 “營改增”過渡期的稅負都會產生影響。 已完工未結算的收尾清算項目在“營改增”后如果按照增值稅計稅，則存在增加的計價款只有銷項稅額，無進項稅額可以抵扣的現象。
(5)未交營業稅問題 目前，施工企業部分項目存在欠繳營業稅的情況，且金額比較大。主要原因有：業主未及時代扣代繳、稅務機關要求延后繳納等。 增值稅的主管稅務機關是國家稅務局，營業稅的主管稅務機關是地方稅務局，“營改增”后可能面臨地方稅務局要求清繳之前未繳納的營業稅，導致集團公司及所屬單位產生巨大資金壓力。
(6)過渡期合理安排設備采購計劃 建筑企業存在大量的以前年度購置機器設備等存量資產，絕對金額較大，占資產總額的比例較大，在“營改增”后，存量資產的抵扣政策將會很大程度上影響企業的稅負。 如果“營改增”前購置的設備無法抵扣進項稅額，但對于其產生的經營收入按照增值稅有關政策規定按適用稅率征收增值稅，造成企業進銷項稅不匹配，這無疑會增加企業未來的稅負，對企業生產經營產生重大不利影響。 針對存量資產可能無法抵扣的情況，目前采購計劃應當盡量延后以規避未來進項稅額的流失，對于工程需求不得不提前購買的設備，在符合增值稅規定的前提下建議延后取得增值稅專用發票或采用租賃的方式運作，以解決因提前購買設備產生的進項稅額抵扣問題。
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